Mentre Chicago è sull'orlo di una guerra civile a tutto campo, Tris, insieme a Quattro, Christina, Peter, Tori e Caleb iniziano una fuga straziante dalla città murata, inseguiti dalle guardie armate fedeli al leader auto-elettosi Evelyn. Per la prima volta nella loro vita fuori da Chicago, i cinque si ritrovano inseguiti da Edgar in un deserto tossico conosciuto come il Fringe, prima di essere salvati e scortati nel complesso ipertecnologico del Dipartimento di Sanità Genetica. Una volta lì, il capo del Dipartimento David riconosce in Tris un essere geneticamente "puro" e la arruola per sostenere la sua causa misteriosa. Mentre Tris riceve un trattamento speciale, compreso l'accesso alle "schede di memoria" che le permettono di rivivere la propria storia familiare, Quattro si unisce ai soldati del Dipartimento nella missione, presumibilmente umanitaria, di prelevare i bambini da un accampamento del Fringe. Quando scopre che David ha intenzione di utilizzare le sorprendenti tecnologie del Dipartimento per fini disumani, Tris dirotta il suo aereo privato e torna con la sua squadra a Chicago. Di fronte a un tradimento scioccante, devono cercare di fermare Evelyn prima che rilasci un gas che cancella la memoria su tutta la popolazione della città, tra cui il gruppo di forze ribelli Allegiant, guidato da Johanna.

Un uomo non identificato pubblica sui social media dei video live in cui mostra di aver rapito due sconosciuti e di aver intenzione di ucciderne uno prima che il giorno sia finito. L'intenzione è quella di tenere a suo modo un "processo". Mentre le autorità cercano di capire cosa sta accadendo, in breve diventa chiaro che ad agire da giudice e da giuria saranno gli spettatori on line.