Crescendo, la creatura soprannominata Hellboy (Ron Perlman) diventa uno degli agenti di punta del misterioso ‘Istituto per la ricerca e la difesa del paranormale’ e considera Broom come un vero e proprio padre. Nel dipartimento viene trasferito anche il giovane agente dell’FBI John T. Myers (Rupert Evans), incaricato da Broom di assistere Hellboy e l’uomo anfibio Abe Sapien (Doug Jones). Nel frattempo, i complici di Rasputin riescono a farlo risorgere dagli inferi e lo spietato negromante vuole concludere il rito, utilizzando i poteri di Hellboy. Così, nella speranza di attirarlo nella sua trappola, Rasputin scatena una serie di disordini a New York e risveglia il mostruoso Sammael (Brian Steele). Costretto a dover affrontare un nemico potente, Hellboy chiede l’aiuto della piromante Liz Sherman (Selma Blair) della quale è segretamente innamorato. L’astuto piano di Rasputin permette a Kroenen di entrare nel dipartimento e di trovarsi faccia a faccia con Broom, scatenando l’ira di Hellboy…