La storia di "Sei in Arresto!" ruota intorno alle avventure di Natsumi Tsujimoto e Miyuki Kobayakawa, due agenti del dipartimento di polizia metropolitana di Tokyo, in servizio all'immaginario distretto di polizia di Bokuto a Sumida. La serie è largamente strutturata a episodi, molti dei quali sono concentrati sull'interazione fra le due protagoniste e un largo set di personaggi di contorno. Tema ricorrente della serie è l'amicizia fra Miyuki e Natsumi, che tentano di conciliare la propria vita privata con il loro lavoro di poliziotte.